福建醫(yī)學院的前身是福建省立醫(yī)學專科學校。

       1937年6月創(chuàng)辦于福州市，同年10月，福建省立醫(yī)院劃為該校附屬醫(yī)院。

        民國27年6月，因抗日戰(zhàn)爭遷往閩北沙縣。同年8月，定名為福建省立醫(yī)學院，學制6年，畢業(yè)生授醫(yī)學士學位。

        抗日戰(zhàn)爭勝利后，學校遷回福州，在省立醫(yī)院和高級工業(yè)職業(yè)學校舊址（吉祥山）重建校舍，醫(yī)科學習年限為6年，醫(yī)學專修科為5年。當時僅有基礎學科教師19人，兼職教師3人。

        解放前夕，基礎學科僅有專任教師15人。附屬醫(yī)院設病床30張，有臨床教師12人，在校學生294人。解放前畢業(yè)生共279人。

        1949年11月，福建省人民政府接辦福建省立醫(yī)學院，改為福建醫(yī)學院，學制5年。

       1951年，除原設的醫(yī)學本科專業(yè)外，增設醫(yī)學專科（3年制），還附設中級衛(wèi)生教育師資專修班。

        到1957年，該院建立基礎學科17個教研組，有基礎學科教師90人，能按教學大綱開出實驗課，同時有一所300張病床的附屬合組醫(yī)院。

        1958年，該院從吉祥山遷到八一七中路西洋村新校舍，福州協(xié)和醫(yī)院劃為附屬醫(yī)院，還確定福建省立醫(yī)院、福建省婦幼保健院、福州神經(jīng)精神病防治院、福州結核病防治院、福州傳染病院5所為教學醫(yī)院，形成了一個教學、醫(yī)療、科研功能較為完整的高等醫(yī)學教育體系。

        1959年，為適應衛(wèi)生預防工作的需要，增設衛(wèi)生系，招收一屆學生后，于1962年停止招生。還曾舉辦2年制衛(wèi)生干部專修科。

        1962年，廈門醫(yī)學院全部學生并入該院。

        到1965年，學校有教師282人，其中基礎學科教師171人，臨床學科教師111人，教師中有正副教授和正副主任醫(yī)師34人、講師和主治醫(yī)師85人，在校學生1332人。

        中華人民共和國成立后至1965年，共畢業(yè)學生3207人、副博士學位研究生2名。該院先后成立放射醫(yī)學、經(jīng)絡、腫瘤、蛇傷、寄生蟲病、創(chuàng)傷、高氣壓手術治療、血液病8個研究室（組），取得一定的科研成果，其中“高壓氧手術室的建造和臨床應用”，開創(chuàng)了中國高壓氧醫(yī)學的臨床應用和研究。

        “文化大革命”中，學校被迫停辦，院領導和一大批教職工被批判、斗爭，下放農(nóng)村，學校資產(chǎn)散失嚴重，停止招生達4年之久，兩所附屬醫(yī)院與學校“脫鉤”，分成8組，遷到閩西、閩北8個縣，破壞極其嚴重。

        1970年，福建醫(yī)學院奉命與福建中醫(yī)學院合并，遷到泉州華僑大學校址，華僑大學醫(yī)學系并入，改為福建醫(yī)科大學。

        1970年，開始招試點班學生（2年制）。

        1971年，籌建附屬第一醫(yī)院，秋季招收3年制醫(yī)學專業(yè)學生。

        1972年，設醫(yī)學、中醫(yī)兩系。

        1975年，在莆田、龍巖兩縣舉辦“社來社去”班，學制2年。

        1983年10月，原晉江地區(qū)第二醫(yī)院劃為附屬第二醫(yī)院。在此期間，還舉辦3期在職西醫(yī)學習中醫(yī)班和其他短期進修班以及中級技術人員班；附設機構有制藥廠、印刷廠。

        1977年秋，開始招收5年制本科學生。

        1978年6月，中共福建省委決定福建醫(yī)科大學遷回福州原址；同年11月，中醫(yī)系分出復辦福建中醫(yī)學院。

        1980年，復辦衛(wèi)生系。

        1982年6月，恢復附屬協(xié)和醫(yī)院隸屬關系。同年10月，福建醫(yī)科大學恢復福建醫(yī)學院原名。

       1984年，附屬第一醫(yī)院由泉州遷回福州，“福建醫(yī)學院附屬協(xié)和醫(yī)院”正式恢復。

        1996年4月，經(jīng)國家教委批準，更名為福建醫(yī)科大學。相應的附屬醫(yī)院亦更名。

        2003年，福建省人民政府確定為重點建設高校；同年以良好的成績通過了教育部本科教學工作水平評估。